Конвертируем окончание строки \r\n в \n и обратно

Способ первый. «Классический»
Работает только на linux-платформах. А все из-за очень специфичной опции -e, которая указывает sed’у распознавать escape-последовательности. Окончания строк windows в окончания строк unix

sed -i -e 's/\r$//' file

Окончания строк unix в windows

sed -i -e 's/$/\r/' file

Способ второй. «Прогрессивный»
Работает на любых платформах где есть perl. Окончания строк windows в окончания строк unix

perl -pi -e 's/\r$//' file

Окончания строк unix в windows

perl -pi -e 's/$/\r/' file

/источник/